Dalle invasioni barbariche a libero comune

Dopo l'anarchia che paralizzò l'intera regione alla caduta dell'Impero romano d'Occidente, Trieste fece parte prima del Regno di Odoacre, poi di quello di Teodorico il Grande. Nel corso della guerra gotica fu occupata da Giustiniano I, che ne fece una colonia militare bizantina. Pochi anni più tardi la città fu distrutta dai Longobardi (nel 568, al momento della loro invasione, o, più probabilmente, nel 585). Riedificata nei decenni successivi, ma ormai fortemente ridimensionata sotto il profilo demografico, passò ai Franchi (788), la cui sovranità fu riconosciuta dagli imperatori bizantini nell'812. Durante l'VIII secolo l'opera missionaria dei sacerdoti del vescovato di Salisburgo e del patriarcato di Aquileia portò alla cristianizzazione delle comunità slave, a cui i Franchi dall'inizio del IX secolo consentirono di espandere i propri insediamenti fino alle aree spopolate dell'Istria settentrionale fino in prossimità del territorio di Trieste come risulta documentato nel Placito del Risano.

Nel 948 Lotario II d'Italia conferì al vescovo Giovanni III e ai suoi successori il governo della città che passò a godere da quel momento di un'ampia autonomia, pur conservando vincoli feudali con il Regno d'Italia.

Durante tutta l'età vescovile la città fu costretta a difendersi dalle mire espansionistiche dei potenti Patriarchi di Aquileia, di Venezia e, successivamente, dei conti di Gorizia. Il governo vescovile entrò in crisi attorno alla metà del Duecento: le incessanti guerre e liti, soprattutto con Venezia, avevano infatti svuotato le arche cittadine, costringendo i vescovi a disfarsi di alcune importanti prerogative legate a diritti che vennero venduti alla cittadinanza. Fra questi ultimi, il diritto di giurisdizione, di riscossione delle decime e di emissione di monete. Si sviluppò pertanto un'amministrazione civile, dominata dai maggiorenti della città, che gradualmente si sostituì a quella ecclesiastica. Tale processo culminò nel 1295, allorquando il vescovo Brissa de Toppo rinunciò formalmente alle sue ultime prerogative e cedette il governo di Trieste alla comunità cittadina, costituitasi, anche ufficialmente, in libero comune.